Исходное соглашение, по которому университет продолжает действовать, было подписано в августе 1997 года и доработан в 2003-м. В новом урегулированы спорные вопросы об избрании и назначении ректора, а также зафиксированы условия разработки учебных программ и финансирования.
Разногласия вокруг РАУ возникли после того, как российская сторона осталась недовольна итогами выборов нового ректора (после ухода с должности Армена Дарбиняна). Позже результаты голосования были все же утверждены.